大家好,我是小马老师。本文介绍lammps聚合物沿分子质心方向压缩的方法。在前面的专栏中,已经介绍过使用反射墙的方法对聚合物进行压缩,这种压缩的优点是界面比较平整,但也存在一个缺点,压缩之后边界的密度通常大于内部的密度,在压缩后需要重新进行弛豫以获得平衡组织。本文介绍另一个压缩方法:沿分子的质心方向进行压缩。流程如下:(1)使用compute chunk/atom命令计算每个分子的质心。(2)用compute chunk/spread/atom将每个分子的质心坐标广播(spread)到该分子内的每个原子上,生成一个每原子数组,其中每个原子的值等于其所属分子的质心坐标。(3)compute property/atom获取每个原子的坐标。(4)根据分子质心坐标和原子坐标,计算xyz三个方向力的大小和方向。(5)fix addforce施加作用力。示例代码如下:compute cmolallchunk/atom molecule compute comallcom/chunk cmol compute comchunkallchunk